پایان نامه ارشد:مطالعه برای به دست آوردن الگوی شناسایی بین بیماران سرطان کولون و افراد سالم با استفاده از HNMR اسپکتروسکوپی

متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته :زیست شناسی

گرایش :بیوشیمی

عنوان : مطالعه برای به دست آوردن الگوی شناسایی بین بیماران سرطان کولون و افراد سالم با استفاده از HNMR اسپکتروسکوپی

دانشگاه پیام نور

دانشکده علوم پایه

گروه علمی بیوشیمی

 

پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد

در رشته زیست شناسی گرایش بیوشیمی

عنوان پایان نامه :

مطالعه برای به دست آوردن الگوی شناسایی بین بیماران سرطان کولون و افراد سالم با استفاده از 1HNMR اسپکتروسکوپی

استاد راهنما :

دکتر زهرا زمانی

 

استاد مشاور :

دکتر محمد ارجمند

 

آبان ماه 1388

 

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب

1-1- سرطان 2

1-1-1- سرطان و انوع آن 2

1-1-2- ژن‌های مسئول تقسیم سلولی 3

1-1-3- انواع سرطان 3

1-1-4- تشخیص سرطان 4

1-1-5- الگوهای درمان سرطان 9

1-1-6- سرطان کولو رکتال 10

1-1-7- چه عوامل باعث سرطان  روده بزرگ می‌شوند؟ 11

1-1-8- علائم سرطان کولورکتال 13

1-1-9- تشخیص سرطان کولورکتال 13

1-1-10- مرحله بندی سرطان کولورکتال 14

1-1-11- عود سرطان روده بزرگ 16

1-2- متابونومیکس 16

1-2-1-تاریخچه 16

1-2-2-متابونومیکس و کاربردهای آن : 17

1-2-3- روشهای طیف سنجی در متابونومیکس 19

1-3- کمومتریکس 21

1-3-1- تعریف کمومتریکس 21

1-3-2- آنالیز اجزاي اصلی 23

مقیاس گذاری 24

هم مرکز کردن 24

1-3-3- تصحیح سیگنال عمودی 26

1-3-4- کمترین مربعات جزئی 27

مدل سازی با استفاده از PLS 28

تفسیر مدل PLS 28

صحت مدل 29

1-4- طیف سنجی رزونانس مغناطیسی هسته 30

1-4-1- مروری بر رزونانس مغناطیسی هسته 30

1-4-2- مفهوم اولیه 31

حالات اسپین هسته ای 32

1-4-3- گشتاور مغناطیسی هسته 32

1-4-4- جذب انرژی 34

مکانیسم جذب رزونانس 35

1-4-5- دانسیته جمعیتهای حالات اسپین هسته 35

1-4-6- تغییر مکان شیمیایی و اثر مانع 36

1-4-7- معادل بودن شیمیایی 39

1-4-8- انتگرال گیری 39

1-4-9- محیط شیمیایی و تغییر مکان شیمیایی 40

1-4-10- قاعده (N+1) شکاف اسپين –  اسپین 41

منشاء شکاف اسپين – اسپين : 41

1-4-11- روش CPMG 42

1-4-12- کاربرد CPMG در متابونومیک 43

1-5- اهداف تحقیق 44

2-1- آماده سازی نمونه‌ها 46

2-2- اندازه گیری تست‌های بیوشیمیایی خون 47

2-3-  گرفتن طیف NMR نمونه‌ها 47

2-4- بررسی طیف‌های NMR 47

2-4-1- آشنایی  با نرم افراز Mestrenova 47

2-4-2- استفاده از نرم افزار Mestrenova در بدست آوردت داده‌ها 51

2-4-3- عمليات اوليه بر روي طيف 51

3-1- شناسایی متابولیت‌ها 57

3-2- رسم نمودارها با استفاده از نرم افزار مطلب 59

3-2-1- رسم نمودارهای اولیهPCA  و PLS 59

3-2-2- رسم نمودارهای PCA  و PLS  بعد از اعمال OSC 60

3-2-3- رسم نمودارهای دیگر PLS 61

3-2-4- رسم نمودار PLS جهت جداسازی مراحل سرطان 63

3-3- نتایج اندازه گیری تست‌های بیوشیمیایی خون 64

3 -4- نتایج بررسی پرسشنامه افراد 64

4-1- بحث و نتیجه گیری 67

نتیجه گیری 74

فهرست منابع 75

 

چکیده

سرطان كولوركتال سومين سرطان در مردها و دومين سرطان در زنان در سراسر دنیا می‌باشد.در ایران میزان مرگ و میر ناشی از این بیماری 8-6 از هر 000/100 نفر مي باشد. روش‌های تشخیص متداول این بیماری بررسي خون مخفي در مدفوع، سنجش تومور مارکر CEA[1] و کولونوسکوپی  می‌باشد. دو روش اول غير اختصاصي است و كولونوسكوپی نیز یک روش تهاجمی می‌باشد که انجام آن برای بیمار بسیار مشکل است. اين بيماري اگر در مراحل اوليه تشخيص داده شود بهبودي بالايي دارد ولي اين تومور در مراحل اوليه بدليل عدم علايم بالینی مشخص قابل شناسایی نمي‌باشد. یکی از روشهای تشخیص سریع سرطان‌ها استفاده از علم متابونومیک جهت یافتن الگوی متابولیکی فرد مبتلا می‌باشد لذا برای شناسایی و مقایسه الگوی متابولیکی پلاسما بین بیماران مبتلا به سرطان کولون و افراد سالم با استفاده از 1HNMR اسپکتروسکوپی این تحقیق انجام شد.

متابونومیکس را می‌توان به عنوان سنجش کمی همکنش‌های متابولیکی وابسته به زمان، در یک سیستم زنده، به پاسخ محرک‌های پاتوفیزیولوژی یا تغییرات ژنتیکی تعریف کرد. روش آنالیز آن استفاده از دستگاههای MS[2] و یا 1HNMR[3] می‌باشد.

این تحقیق بر روی 20 فرد مبتلا به سرطان کولورکتال و 20 فرد سالم انجام شد که تمامی افراد جهت انجام آزمایش کولونوسکوپی به مدت 48 ساعت فقط مایعات مصرف نمودند. جهت جداسازی پلاسمای این افراد 4 میلی لیتر از نمونه خون به لوله‌های حاوی 20 میکرولیتر هپارین               (ماده ضد انعقاد) اضافه شد و سپس نمونه‌ها به مدت 15 دقیقه با دور  RPM3000 سانتریفوژ شدند تا پلاسمای خون آنها جدا شود. در مرحله بعد 800 میکرولیتر از پلاسمای به دست آمده با          10 در صد D2O  رقیق شد و آزمایش 1HNMR  اسپکتروسکوپی با روش spin echo cpmg جهت بدست آوردن طیف بر روی نمونه‌ها انجام شد و متابولیتهای طیف با استفاده از نرم افزار MestreNova تعیین شدند. سپس نتایج به دست آمده با استفاده از نرم افزار مطلب و روش PCA  و PLS در کمومتریکس بررسی شدند. الگوی متابولیکی به دست آمده افراد سالم و بیمار  کاملاً از یکدیگر تفکیک شدند و متابولیتهای گلیسین، β – گلوکز، فوکوز، D – گالاکتوز و کراتینین به عنوان متابولیتهای اولیه جهت جداسازی شناخته شدند.

فصل اول

مقدمه و اهداف

1-1- سرطان

ساختار ژنتیکی هر سلول سرعت رشد، تقسیم و زمان مرگ آن را تعیین می‌کند. در حالت طبیعی، جایگزینی سلولهای فرسوده به سلولهای جوان از یک برنامه منظم تبعیت می‌کنند و فرایند رشد و تجدید سلولی به طور ثابت در بدن اتفاق می‌افتد. در بیماری سرطان، سلول‌ها توانایی تقسیم و رشد عادی خود را از دست می‌دهند، سلول واحد اساسی و ساختمانی حیات است که حاوی پروتئین‌ها، اسیدهای چرب، کربوهیدراتها و ماده حیاتی به نام دی ان ای می‌باشد. سرطان نوعی بیماری است که در آن سلول‌ها توانایی تقسیم و رشد عادی خود را از دست می‌دهند و این موضوع منجر به تسخیر و تخریب بافت‌های سالم می‌شود. از تجمع این سلول‌های سرطانی و تخریب سلول‌های بافت‌های سالم توده ای به نام تومور ایجاد می‌شود. اگر تومور به لایه ای محدود ختم شود و به سایر بافت‌ها و ارگانها سرایت نکند تومور خوش خیم[1] است و اگر تومور گسترده شده یا بالقوه قابلیت پخش شدن و احاطه کردن سایر بافتها و ارگانها را داشته باشد بدخیم یا سرطانی نامیده می‌شود. برخی از سلول‌های سرطان متاستاز[2] می‌یابند به این معنی که خصوصیت تهاجمی پیدا کرده و به سایر بافت‌های بدن، عمدتاً از طریق خون و لنف، سرایت  می‌کنند و تومورهای جدیدی را ایجاد می‌کنند. رشد سرطانی زمانی اتفاق می‌افتد که برخی از سلول‌ها به طور غیر قابل کنترل شروع به تکثیر کنند و سیستم ایمنی بدن قادر به مهار تقسیم بی رویه نباشد و همینطور تعدادی از سلولهای غیر طبیعی از نظر‌اندازه بزرگ و بزرگ تر شوند (Wikipedia 2009 ).

تعداد صفحه : 102

قیمت : 14700 تومان

———–

——-

پشتیبانی سایت :               [email protected]

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  --