دانلود پایان نامه ارشد: بررسی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی ماهی گورخری فارسیAphanius farsicus Teimori, Esmaeili & Reichenbacher, 2011 (شعاع بالگان: کپورماهیان دندان‌دار) در استان فارس با استفاده از نشانگر هسته‌یی ریزماهواره

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته زیست شناسی

گرایش : بیوسیستماتیک جانوری

عنوان : بررسی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی ماهی گورخری فارسیAphanius farsicus Teimori, Esmaeili & Reichenbacher, 2011  (شعاع بالگان: کپورماهیان دندان‌دار) در استان فارس با استفاده از نشانگر هسته‌یی ریزماهواره

دانشگاه شیراز

دانشکده علوم

 

پایان نامه‌ی کارشناسی ارشد در رشته‌ی

زیست شناسی-  بیوسیستماتیک جانوری

بررسی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی ماهی گورخری فارسیAphanius farsicus Teimori, Esmaeili & Reichenbacher, 2011

(شعاع بالگان: کپورماهیان دندان‌دار) در استان فارس

 با استفاده از نشانگر هسته‌یی ریزماهواره

استاد راهنما:

دکتر حمیدرضا اسماعیلی

 

بهمن ماه 1392

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

 بررسی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی ماهی گورخری فارسی

Aphanius farsicus Teimori, Esmaeili & Reichenbacher, 2011

(شعاع بالگان: کپورماهیان دندان دار) در استان فارس با استفاده

 از نشانگر هسته‌یی ریزماهواره

 

ساختار ژنتیکی ماهی بومزاد گورخری فارسی (Aphanius farsicus) حوضه‌ی مهارلو، از چهار منبع آبي مختلف شامل پیربنو، برم‌شور، دوبنه و برم بابونک با استفاده از نشانگر هستهیی ریزماهواره  (پنج جایگاه ژنی ریزماهواره‌یی Af7/ Af20/ Af20b/ Af61/ Af18) مورد مطالعه قرار گرفت. بر اساس نتايج به‌دست آمده هر 5 جایگاه ژنی 100% چند شکلی را نشان دادند. میانگین تعداد آلل‌ در سطح جمعیت‌ها 150/3 به‌دست آمد که پایین‌تر از مقدار مشاهده شده در ماهیان آب شیرین بود. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده برابر 948/0 محاسبه شد که از میانگین هتروزیگوسیتی قابل انتظار (654/0) بیشتر بود. در بررسی تعادل هاردی-  واینبرگ، در دو جایگاه انحراف معنی‌داری (P<0.05) از تعادل مشاهده شد. نتایج به‌دست آمده از   FSTو  RST (013/0) تمایز ژنتیکی پایینی را میان مناطق نشان داد. همچنین بر اساس آنالیز واریانس مولکولی، تنها 1% تنوع مشاهده شده مربوط به بین جمعیت‌ها بود. به‌نظر می‌رسد که تبادل ژني بالايي بين جمعیت‌هاي مورد مطالعه ماهی گورخری فارسی در چشمه هاي مورد مطالعه منطقه مهارلو وجود دارد.

 

کلمات کلیدی: حوضه مهارلو ، هتروزیگوسیتی، تبادل ژنی، ریز ماهواره، ماهی گورخری فارسی

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                صفحه

 

فصل اول: مقدمه

1- 1-  معرفی تاکسون مورد مطالعه……………………………………………………………………………………………. 3

1- 1- 1-  جنس Nardo, 1827   Aphanius …………………………………………………………………….. 3

1- 1- 2-  ماهی گورخری فارسی Aphanius farsicus Teimori, Esmaeili & Reichnbacher, 2011      5

1- 1- 2- 1-  سیستماتیک……………………………………………………………………………………………… 5

1- 1- 2- 2-  ویژگی‌های مریستیک ……………………………………………………………………………… 6

1- 1- 2- 3-  رنگ……………………………………………………………………………………………………………. 6

1- 1- 2- 4-  زیستگاه……………………………………………………………………………………………………… 6

1- 2- معرفی حوضه‌ي آبی مورد مطالعه…………………………………………………………………………………….. 7

1- 2- 1-  دریاچه‌ی مهارلو…………………………………………………………………………………………………….. 7

1- 2- 2-  وضعیت حوضه‌ی آب ریز دریاچه‌ی مهارلو…………………………………………………………. 9

1- 2- 3-  چشمه های منتهی به دریاچه‌ی مهارلو………………………………………………………………. 10

1- 2- 4-  تشکیلات زمین شناسی……………………………………………………………………………………….. 11

1- 2- 5-  آب و هوا……………………………………………………………………………………………………………….. 11

1- 3-  مطالعات مولکولی……………………………………………………………………………………………………………… 11

1- 3- 1-  مطالعات تنوع ژنتیکی در ماهیان………………………………………………………………………… 12

1- 3- 2-  تکنیک‌های مولکولی…………………………………………………………………………………………….. 12

1- 3- 2- 1-  تکنیک‌های DNA……………………………………………………………………………………. 12

1- 3- 2- 1- 1-  تكنيك PCR………………………………………………………………………………………. 12

1- 4-  ژنوم هسته………………………………………………………………………………………………………………………… 13

1- 4- 1-  DNAتکراری…………………………………………………………………………………………………………. 13

1- 4- 1- 1-  VNTR ((Variable Number Tandem Repeat………………………………….. 14

1- 4- 1- 2- ریز ماهواره (Microsatellite) …………………………………………………………………… 15

1- 5- تعیین ساختار ژنتیکی جمعیت ………………………………………………………………………………………. 16

1- 5- 1-  مدل هاردی-  واینبرگ و دلیل انحراف از آن…………………………………………………….. 16

عنوان                                                                                                صفحه

 

1- 5- 2-  F- Statistics………………………………………………………………………………………………………… 18

1- 5- 3-  شباهت و فاصله‌ی ژنتیکی…………………………………………………………………………………… 19

1- 6-  هدف از انجام پژوهش………………………………………………………………………………………………………. 20

 

فصل دوم : مروري برمطالعات گذشته

2- 1-  مطالعات انجام شده روی جنس Aphanius…………………………………………………………………… 22

2- 2-  مطالعات انجام شده در مورد گونه Aphanius farsicus در ایران…………………………………. 24

 

فصل سوم: مواد و روش ها

3- 1-  نمونه برداری……………………………………………………………………………………………………………………… 26

3- 2-  مطالعات مولكولي……………………………………………………………………………………………………………… 28

3- 2- 1-  استخراج DNA …………………………………………………………………………………………………… 28

3- 2- 1- 1-  ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده………………………………………. 29

3- 2- 2-  انتخاب آغازگر……………………………………………………………………………………………………….. 30

3- 2- 3-  انجام واکنش زنجیره‌یی پلیمراز (PCR)……………………………………………………………… 31

3- 2- 4-  الکتروفورز محصول PCR…………………………………………………………………………………….. 34

3- 2- 4- 1-  تهیه‌ی آکریل آمید 30 درصد…………………………………………………………………. 34

3- 2- 4- 2-  تهیه‌ی X)10TBE((Tris, Boric Acid,EDTA)…………………………………… 34

3- 2- 4- 3-  آمونیوم پر سولفات 10٪(A.P.S) (Amonium per sulfate)……………….. 34

3- 2- 4- 4-  TEMED…………………………………………………………………………………………………… 35

3- 2- 4- 5-  تهیه ژل پلی آکریل آمید 7٪………………………………………………………………….. 35

3- 2- 4- 5- 1-  تجهیزات مورد استفاده……………………………………………………………………….. 35

3- 2- 4- 5- 2-  روش کار……………………………………………………………………………………………… 35

3- 2- 5-  رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با نیترات نقره…………………………………………………. 36

3- 2- 5- 1-  مواد مورد استفاده……………………………………………………………………………………… 36

3- 2- 5- 2-  تجهیزات مورد استفاده……………………………………………………………………………… 36

3- 2- 5- 3-  روش کار……………………………………………………………………………………………………. 36

3- 2- 6-  ثبت تصاویر……………………………………………………………………………………………………………. 36

3- 2- 7-  آنالیز آماری……………………………………………………………………………………………………………. 37

عنوان                                                                                                صفحه

 

فصل چهارم: نتایج

4- 1-  نتیجه‌ی بررسي كيفيت و كميت DNA استخراجي…………………………………………………….. 39

4- 2-  نتايج PCR………………………………………………………………………………………………………………………… 39

4- 3-  تعداد و طول آلل‌ها…………………………………………………………………………………………………………… 41

4- 4-  فراوانی آلل‌ها…………………………………………………………………………………………………………………….. 41

4- 5-  تعداد آالل واقعي (Na) و موثر (Ne)………………………………………………………………………………… 42

4- 6-  تنوع ژنتيكي……………………………………………………………………………………………………………………… 43

4- 7-  تعادل هاردی-  واينبرگ………………………………………………………………………………………………….. 45

4- 8-  آنالیز آماری AMOVA……………………………………………………………………………………………………. 46

4- 9 جریان ژنی (ضریب مهاجرت)……………………………………………………………………………………………… 48

4- 10-  شباهت و فاصله ژنتيكي………………………………………………………………………………………………… 49

 

فصل پنجم: بحث و نتيجه گيری

5- 1-  تنوع ژنتیکی……………………………………………………………………………………………………………………… 52

5- 2-  تعادل هاردی-  واینبرگ………………………………………………………………………………………………….. 54

5- 3-  تمایز ژنتیکی…………………………………………………………………………………………………………………….. 55

5- 4-  جریان ژنی ( مهاجرت)…………………………………………………………………………………………………….. 57

5- 5-  نتیجه گیری نهایی……………………………………………………………………………………………………………. 59

5- 6- پیشنهادها……………………………………………………………………………………………………………………………. 60

5- 7-  توصیه ها…………………………………………………………………………………………………………………………… 60

 

فهرست منابع و مآخذ

منابع فارسی ………………………………………………………………………………………………………………………………….. 61

منابع انگلیسی…………………………………………………………………………………………………………………………………. 63

 

 

فهرست جدول ها

عنوان                                                                                                 صفحه

جدول 3- 1 منطقه‌های نمونه برداری و تعداد ماهي گورخری فارسی مورد مطالعه در این پژوهش    29

جدول3- 2 خصوصیات جایگاه‌های ژنی (آغازگر) مورد استفاده در این پژوهش……………………… 31

جدول3- 3 نوع و مقدار مواد مورد استفاده برای PCR در این پژوهش…………………………………… 31

جدول3- 4 برنامه چرخه حرارتی PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت‌های ماهی

گورخری فارسی با استفاده از آغازگرAf7…………………………………………………………………………………….. 32

جدول3- 5 برنامه چرخه حرارتی PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی  جمعیت‌های ماهی

گورخری فارسی با استفاده از پرایمر Af20……………………………………………………………………………….. 32

جدول 3- 6 برنامه چرخه حرارتی PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی  جمعیت‌های ماهی

گورخری فارسی با استفاده از پرایمر Af20b………………………………………………………………………………. 32

جدول3- 7 برنامه چرخه حرارتی PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی  جمعیت‌های ماهی

گورخری فارسی با استفاده از پرایمر Af61……………………………………………………………………………….. 33

جدول3- 8 برنامه چرخه حرارتی PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی  جمعیت‌های ماهی

گورخری فارسی با استفاده از پرایمرAf18…………………………………………………………………………………. 33

جدول4- 1 شرایط  PCRدر جایگاه‌های ژنی مورد مطالعه در ماهي گورخري

فارسي…………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 40

جدول 4- 2 تعداد و طول آلل‌هاي به‌دست آمده (بر حسب bp) در پنج جايگاه ژنی مورد

مطالعه در ماهي گورخري فارسي…………………………………………………………………………………………………. 41

جدول 4- 3 فراوانی آللی در پنج جایگاه ژنی مورد مطالعه درماهي گورخري فارسي…………….. 42

جدول4- 4 تعداد آلل واقعي (Na) و موثر (Ne) در پنج جایگاه ژنی برای هر جمعیت ماهی

گورخری فارسی در منطقه‌های مورد مطالعه……………………………………………………………………………… 43

جدول4- 5  میانگین تعداد آلل واقعي (Na) و موثر (Ne) برای هر جمعیت ماهي

گورخري فارسي در منطقه‌های مورد مطالعه……………………………………………………………………………….. 43

جدول 4- 6 مقادير هتروزيگوسيتي مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) براي هرجمعیت از ماهي گورخري فارسي در منطقه‌های مورد مطالعه درهر جایگاه ژنی………………………………………………………………………………………………………. 44

 

عنوان                                                                                                 صفحه

جدول 4- 7 مقادیرهتروزيگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار در سطح پنج   جايگاه ژني در كل نمونه‌هاي ماهي گورخري فارسي…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 44

جدول4- 8 میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار ((He برای هر جمعیت ماهي گورخري فارسي در منطقه‌های مورد مطالعه…………………………………………………………………………………………………………………………………….. 44

جدول 4-  9 بررسي تعادل هاردي-  واينبرگ در پنج جایگاه ژنی برای هر جمعيت ماهي  گورخري فارسي در منطقه‌های مورد مطالعه ……………………………………………………………………………………………………………………………………………. 45

جدول 4- 10 ميزان FST محاسبه شده بر اساس آزمون  AMOVAبین جمعیت‌های ماهي گورخري فارسي در مناطق مورد مطالعه …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 46

جدول4- 11 آناليز واريانس مولكولي (AMOVA) ماهي گورخري فارسي. Df (درجه آزادي)،  SS(مجموع مربعات)،Ms  (انحرافات ميانگين مربع)، Prob …………………………………………………………………………………………………………………….. 47

جدول 4- 12 ميزان  RSTمحاسبه شده بر اساس آناليز AMOVA بین جمعیت‌های ماهی گورخری فارسی در مناطق مورد مطالعه …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 47

جدول4- 13 آناليز واريانس مولكولي (AMOVA) در ماهي گورخري فارسي. Df (درجه آزادي)، SS (مجموع مربعات)، Ms (انحرافات ميانگين مربع)، Prob …………………………………………………………………………………………………… 48

جدول 4- 14 میزان جریان ژنی محاسبه شده بین جمعیت‌های مناطق مورد مطالعه در ماهي گورخري فارسي بر اساس آناليز AMOVA………………………………………………………………………………………………………………………………………. 49

جدول 4- 15 ماتريس فاصله ژنتيكي (اعدادزير قطر) و شباهت ژنتيكي (اعداد بالاي قطر) بین جمعیت‌های مناطق مورد مطالعه در ماهي گورخري فارسي……………………………………………………………………………………………………………………. 49

 

فهرست شکل ها

عنوان                                                                                                 صفحه

 

شکل1- 1-  الف: نر، ب: ماده و ج: زيستگاه طبيعي A. farsicus……………………………………………… 6

شکل1- 2-   عكس هوايي از درياچه‌ي مهارلو و موقعيت آن نسبت به شهر شيراز……………….. 8

شكل1- 3-  عكس هوايي از درياچه‌ي مهارلو و موقعيت آن نسبت به کوه‌های اطراف………….. 8

شكل 1- 4-   نقشه‌ي حوضه‌هاي آبريز استان فارس و موقعيت حوضه‌ي مهارلو و درياچه آن در پهنه‌ي استان 10

شكل3- 1-  عكس هوايي از درياچه‌ي مهارلو و موقعيت برخی از چشمه های مورد مطالعه در این پژوهش (نقاط قرمز رنگ) نسبت به آن……………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 27

شكل3- 2-  عكس هوايي از حاشيه‌ي شمال غربي درياچه‌ي مهارلو و آب‌هاي ورودي به آن 27

شکل 4- 1 نتايج  حاصل از FST به‌دست آمده از آزمون AMOVA در ماهي

گورخري فارسي……………………………………………………………………………………………………………………………… 47

شکل4- 2 نتايج حاصل از  RSTبه‌دست آمده از  AMOVAدرماهي

گورخري فارسي……………………………………………………………………………………………………………………………… 48

 

فصل اول

مقدمه

به‌منظور شناسایی گونه‌های ماهیان در معرض خطر انقراض و طراحی برنامه‌های حفاظتی برای حفظ و نگهداری این گونه‌ها، نیاز است تا مطالعات گسترده‌تری صورت پذیرد و با بررسی شرایط زیستی در مناطق مختلف، خطرات جدی تهدید کننده‌ی زندگی ماهیان مورد ارزیابی قرار گیرد (Nelson, 2006).

در این میان بعضی از گونه‌های جنس Aphanius از خانواده‌ی کپور ماهیان دندان‌دار از جمله ماهي گورخري فارسي (Aphanius farsicus)، به‌دلیل محدودیت زیستگاه، بیش از سایر ماهی‌ها در معرض خطر انقراض قرار دارند. امروزه با افزایش جمعیت، بالا رفتن میزان آلودگی، معرفی ماهیان غیر بومی مثل گامبوزیا، صید بی‌رویه، استفاده از منابع آبی برای اهداف کشاورزی، صنعت و مصارف خانگی باعث شده است تا بسیاری از گونه‌ها مخصوصا گونه‌های بومی (به‌ويژه بومزاد) در معرض خطر انقراض قرار بگیرند. ماهیان بومی بخش مهمی از میراث ژنتیکی طبیعی کشور بوده است و چون محدود به مناطق ویژه‌یی هستند حفاظت از آن‌ها یک اصل جهانی است. ماهی گورخری فارسی یکی از ماهیان بومزاد ایران است که تاکنون تنها از چشمه‌های آب شیرین حوضه‌ی دریاچه مهارلو در استان فارس گزارش شده است (Esmaeili et al., 2010; Teimori et al., 2011).

این ماهیان شکارچیان حشرات اند، از این‌رو می‌توان از آن‌ها برای کنترل جمعیت برخی حشرات مانند پشه آنوفل و در نتیجه کنترل بیماری مالاریا استفاده نمود (اسماعیلی و همکاران، 1388). از طرفی به خاطر زیبایی ظاهری، این گونه ماهی از جمله گونه‌هایی محسوب می‌شود که ارزش زیبایی شناختی داشته و می‌تواند در لیست ماهیان آکواریومی ایران  و جهان قرار گیرد. همچنین بوم زاد بودن این ماهی بر اهمیت آن از نظر حفظ ذخایر ژنتیکی، تنوع زیستی و جلب اکوتوریست می‌افزاید (همان).

همان‌طور که گفته شد این گونه‌ی ماهی تنها محدود به حوضه دریاچه‌ی مهارلو است. خشکسالی‌های چند سال اخیر، آلودگی آب، تخریب زیستگاه و معرفی گونه‌های غیر بومی به زیستگاه این ماهی منحصر به فرد، سبب کاهش جدی جمعیت این ماهی شده است و همواره بیم از بین رفتن این جمعیت ارزشمند و بی همتا وجود دارد (همان).

تاکنون مطالعه‌هاي متعدد ريختي، اکولوژيکي و زيستي مختلفي در مورد ماهيان صورت گرفته است. مطالعه‌ی ویژگی‌های ریخت‌سنجی با هدف تعریف و شناسایی واحدهای جمعیتی صورت می‌پذیرد. اما گاهی ممکن است ویژگی‌های ریختی ناشی از اثرات محیط بوده و منعکس کننده‌ی تغییرات ژنتیکی نباشد (Tudela, 1999). بنابراین بررسی تنوع ژنتیکی که معیاری برای سنجش تنوع زیستی یافت شده در گونه‌ها، جمعیت‌ها و اکوسیستم‌ها است جهت مشخص کردن وضعیت جمعیت‌ها و گونه‌ها یک ضرورت علمی محسوب می‌شود. علاوه بر این تنوع ژنتیکی جمعیت‌های یک گونه می‌تواند مبنایی برای مدیریت آن گونه باشد و لذا این موضوع در زیست شناسی حفاظت محیط زیست، اهمیت روز افزونی پیدا کرده است.

تعداد صفحه :86

قیمت : 14700 تومان

———–

——-

پشتیبانی سایت :               serderehi@gmail.com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  --